Annika Lindqvist började på Svenska Balettskolan i Stockholm vid tio års ålder. Efter avslutat gymnasium på samma skola fick hon stipendium för att fortsätta sina studier vid Pacific Northwest Ballet School i Seattle. Under sina verksamma år som dansare kom hon att dansa alla stora klassiska baletter men också verk av Kylian, Mats Ek, William Forsythe och Jo Strømgren. Hon hade kontrakt på Kungliga Operan, Den Norske Opera & Ballett och Wiener Staatsoper samt på GöteborgsOperan i tio år.
I dag arbetar Lindqvist som biträdande regissör på GöteborgsOperan i uppsättningar som Wicked, Norma, Billy Budd och Hair. Hon står också som medregissör och koreograf till Pierrot lunaire och har även regisserat repriseringar av Madame Butterfly och The Telephone. I Herr Arnes penningar stod hon för koreografin och som rörelseinstruktör för Nibelungens ring och Così fan tutte. Hon har även arbetat med uppsättningar som Oliver! och Notorious.
På GöteborgsOperan har hon även regisserat Don Pasquale och Pierrot i ljuset av Bach på Lilla scenen och på turné, samt nypremiären av Viva la mamma på Stora scenen samt Jo Strømgrens Utkanten på Den Norska Opera og Ballett. Hon har också varit biträdande regissör för Rikard Bergqvists Elvis, Cash, The killer and me samt koreograf för Forever Piaf (regi Rikard Bergqvist), båda på Göta Lejon. Hon har även regisserat Barnet och spökerierna på Högskolan för scen och musik.