Sebastian Wagner är född i Heidelberg i Tyskland. Redan under sin utbildning vikarierade han i Orchester der Stadt Heidelberg, Staatskapelle Karlsruhe och Kammerorchester Mannheim. Efter studier för Ulrich Freund, solofagottist i Staatsphilharmonie Rheinland- Pfalz och i Detmold för professor Helman Jung, praktiserade Sebastian Wagner på Deutsche Oper am Rhein i Duisburg. Efter ett år som vikarierande solofagottist vid Stadttheater Giessen kom Sebastian Wagner till GöteborgsOperan (1994), först som tuttimusiker och därefter som alternerande stämledare (1996). År 2016 blev han utnämnd till stämledare i GöteborgsOperans Orkester.
Sebastian Wagner har också spelat med flera av Sveriges orkestrar, bl.a. Göteborgs Symfoniker, Helsingborgs Symfoniorkester och på Norrlandsoperan. För övrigt ägnar han sig åt kammarmusik tillsammans med kollegorna i Götheborg Wind Quintet som är coachade av bl.a. medlemmar i Berlin Philharmonic Woodwind Quintet.